SMP Negeri Satu Atap pejukutan terletak di Desa Pejukutan, Kecamatan Nusa Penida yang berjarak 16 KM dari kota kecamatan ke arah timur. Sekolah ini didirikan tahun 2006 oleh tokoh-tokoh masyarakat yang ada di desa pejukutan. Sebelum sekolah ini didirikan anak-anak yang ada di desa pejukutan stelah menyelesikan pendidikan dasar biasanya melanjutkan ke SMP 1 Nusa Penida dan juga sebagian kecil bersekolah ke SMP Negeri 5 Nusa Penida. Namun tidak semua siswa yang lulus SD bisa melanjutkan sekolah ke SMP karena beberapa faktor seperti

1. Jarak Kesekolah yang dituju cukup jauh
2. Kalau mau sekolah siswa biasanya indekos dan juga menempuh perjalanan kaki kesekolah dengan waktu tempuh yang cukup lama.
3. Kondisi ekonomi masyarakat yang tidak semuanya bisa menyekolahkan anaknnya

Mempertimbangkan hal tersebut para tetua melaksanakan pertemuan beberapa kali untuk mewujudkan berdirinya sekolah ini dengan harapan angka putus sekolah bisa ditekan bahkan bisa dihilangkan.

Saat ini SMP Negeri Satu Atap Pejukutan telah memiliki 3 unit gedung yang diperuntukkan sebagai ruang belajar dengan kapasitas 5 kelas, Ruang lab IPA yang sekaligus menjadi lab komputer, perpustakaan serta ruang guru dan TU.

Dalam kegiatan belajar sekolah ini menggunakan kurikulum 2013 yang diatur dalah dokumen KTSP untuk kelas 8 dan 9 sementara kelas 7 menggunakan kurikulum Mandiri Belajar. Kegiatan pembelajaran disekolah ini dilakukan oleh guru yang seluruhnya S1 pendidikan dengan program keahlian masing-masing.